自上世纪80年代起，吴良镛即开展太湖地区城镇的研究，90年代主持"发达地区城市化进程中建筑环境的保护与发展"国家自然科学基金重点项目。向相关国家部门和机构递交了建议加强长三角地区区域协调的报告，支撑了江苏省和上海市城市发展政策的制定。此外，还陆续为无锡、苏州、常州、张家港、南通等长三角城市编制了总体规划、战略规划和城市设计，对推进中国的建筑环境保护和长三角地区城乡人居环境建设发挥了重要的作用。